In Mooren und Heiden leben viele gefährdete Pflanzenarten
Die Vegetation der Hoch- und Zwischenmoore ist durch Torfmoose geprägt. Arten wie das Trügerische Torfmoos (Sphagnum fallax), das Die Vegetation der Hoch- und Zwischenmoore ist durch Torfmoose geprägt. Arten wie das Trügerische Torfmoos (Sphagnum fallax), das Gefranste Torfmoos (Sphagnum fimbriatum) oder das Verbogene Torfmoos (Sphagnum flexuosum) können ein Vielfaches ihres Gewichtes an Wasser speichern und bilden dichte Polster, sogenannte „Bulte“. Auf und zwischen diesen Polstern wachsen Sauergräser wie die Schnabel-Segge (Carex rostrata) und die Igel-Segge (Carex echinata). Auch das Scheidige und das Schmalblättrige Wollgras (Eriophorum vaginatum, Eriophorum angustifolium) kommen vor. Sie sind während des Sommers bis in den Herbst hinein gut an ihren wolligen, weißen Fruchtständen zu erkennen, deren lange fedrige Haare für eine Ausbreitung der Samen mit dem Wind sorgen. Beide Wollgrasarten zeigen einen guten Zustand der Moore an, wobei das Scheiden-Wollgras eher eine Hochmoorart ist, während das Schmalblättrige Wollgras in Zwischen- und Flachmooren wächst.
Auf den Torfmoosen liegen die zarten Sprosse der Gemeinen Moosbeere (Vaccinium oxycoccos). Die kleinen tiefroten Früchte geben ihr ihren deutschen Namen. Sie ist eng verwandt mit der nordamerikanischen Kran- oder Moosbeere (engl.: cranberry), die wegen ihrer deutlich größeren, essbaren Beeren angepflanzt wird. Die Moosbeere zählt wie die Glockenheide (Erica tetralix) und die Besenheide (Calluna vulgaris) zu den Zwergsträuchern. Sie sind an das Leben im nährstoffarmen Moor deshalb gut angepasst, weil an ihren Wurzeln häufig Pilze (Mykorrhiza) sitzen, die in der Lage sind, aus zunächst nicht für die Zwergsträucher nutzbaren Stickstoffverbindungen pflanzenverfügbare Nährstoffe zu bilden.
In den nassen Räumen zwischen den Polstern, den „Schlenken“, kann man das Knöterich-Laichkraut (Potamogeton polygonifolius) finden. Bei besserer Nährstoffversorgung, also in den Zwischenmooren des Nationalparks, kommt hier außerdem der Fieberklee (Menyanthes trifoliata) vor. Er ist wegen seiner dreigeteilten Blätter als „Klee“ benannt worden und nicht mit dem Wiesenklee verwandt. Eine ebensolche Selten- wie Besonderheit im Nationalpark Eifel ist die gleichfalls attraktive Moorlilie (Narthecium ossifragum).
Die meisten dieser typischen Moorarten sind in Nordrhein-Westfalen in ihrem Bestand gefährdet und zählen deshalb zu den Rote-Liste-Arten. Eine gleichfalls häufige Art in den Zwischenmooren ist das dichte Horste bildende Pfeifengras (Molinia caerulea). Während die Stängel anderer Grasarten in regelmäßigen Abständen verdickte Knoten aufweisen, ist der Pfeifengrasstängel knotenfrei. Deshalb wurde das „Pfeifen“gras früher zum Reinigen der Pfeifen verwendet. Wird der Wasserhaushalt in den Mooren beipielsweise. durch Entwässerungsgräben gestört, kommt es zu einer zunehmenden Freisetzung von Nährstoffen. Dann kann das Pfeifengras sich stark ausbreiten und die moortypischen Pflanzenarten verdrängen.
