Hier leben Eidechsen, Schlangen, Fledermäuse und Uhus
Auch wenn schroffe Felsen zunächst als wenig gastlicher Lebensraum für Tiere erscheinen, zeigt sich bei näherem Hinschauen, dass hier viele seltene beziehungsweise in ihrem Vorkommen in Nordrhein-Westfalen als gefährdet geltende Arten zu finden sind. Besonders hervorzuheben sind zunächst zwei Reptilienarten: die häufig zu sehende Mauereidechse (Podarcis muralis) und die sehr versteckt lebende Schlingnatter (Coronella austriaca). Die Mauereidechse ist eine eigentlich weiter südlich verbreitete, wärmeliebende kleine Eidechsenart. Sie erreicht in Nordrhein-Westfalen die Nordgrenze ihres Vorkommens. Der Nationalpark Eifel ist Heimat der größten zusammenhängenden Population Nordrhein-Westfalens, was vor allem mit den zahlreichen der Sonne ausgesetzten Felsen am südlichen Kermeterrand oberhalb der Urfttalsperre zusammenhängt.
Das Vorkommen der Schlingnatter, eine der wenigen Schlangenarten in NRW, ist im Nationalpark Eifel eng mit dem der Mauereidechse verbunden. Schlingnattern ernähren sich nämlich zu einem Großteil unter anderem von jungen Eidechsen. Sie können bis zu 60 cm lang werden, sind ungiftig und damit für den Menschen ungefährlich. Im Gegensatz zu anderen einheimischen Reptilien legt die Schlingnatter keine Eier, in denen sich allmählich die Jungtiere entwickeln, sondern ihre vollständig entwickelten Jungen reißen unmittelbar nach der Ablage die Eihüllen auf. Felsen bieten außerdem verschiedenen Fledermausarten Versteckmöglichkeiten.
Das Große Mausohr (Myotis myotis), die Zwergfledermaus (Pipistrellus pipistrellus) oder der Abendsegler (Nyctalus noctula) nutzen Spalten und Höhlungen als Sommerquartiere. Dies gilt im Übrigen auch für die im Nationalpark Eifel noch vorhandenen Bunker aus dem Zweiten Weltkrieg oder für die Bergwerksstollen, in denen zu früheren Zeiten Dachschiefer gewonnen wurde. Sie dienen weiteren Fledermausarten wie dem Braunen Langohr (Plecotus auritus) oder den Bartfledermaus-Arten (Myotis mystacinus und Myotis brandti) als Sommer- oder Winterquartiere. Aus diesem Grund müssen diese vom Menschen geschaffenen Strukturen erhalten bleiben und vor unbefugtem Betreten geschützt werden. Alle Fledermausarten sind nämlich geschützt und in ihrem Bestand im Rheinland wie im gesamten Nordrhein-Westfalen mehr oder weniger stark gefährdet.
Für den Uhu bieten große Felsen in einer wenig gestörten Umgebung ideale Brutplätze. Diese durch den Menschen im Rheinland in den sechziger Jahren des letzten Jahrhunderts ausgerottete große Eulenart konnte sich in der Eifel und Voreifel nach seit 1968 begonnenen Wiedereinbürgerungsmaßnahmen wieder ausbreiten. Die Eifel ist mit 100 Brutpaaren ein Schwerpunkt des deutschen Uhuvorkommens. Uhus nutzen inzwischen häufig Steinbrüche als Brutplätze, da größere Felskomplexe häufig durch Wanderwege, Kletterer oder andere Störungen von ihm nicht mehr genutzt werden können. Er ernährt sich von Mäusen und anderen Vogelarten. Im Nationalpark ist er seit der Öffnung des ehemaligen Truppenübungsplatzgeländes an seinem angestammten Brutplatz erhöhter Beunruhigung ausgesetzt, was schon mehrfach zur Aufgabe der Brut geführt hat.
Außerdem besiedelt der Steppen-Grashüpfer (Chorthippus vagans), eine in Nordrhein-Westfalen stark gefährdete wärmeliebende Heuschreckenart, die zahlreichen sonnenbeschienenen Felsen im Nationalpark.